长沙育苗基质在运用之前应停止消毒，可采用化学药剂和杀菌剂停止消毒，有条件的中央也能够选用蒸汽消毒。常用办法有以下几种：
（1）甲醛消毒
将40%的甲醛稀释50～100倍，平均地喷洒在基质上，每立方米基质喷洒10～20千克甲醛稀释液，充沛混拌平均后，盖上塑料薄膜闷24小时，然后揭去薄膜，待药味分发后运用。该办法操作烦琐，杀菌效果好。在运用中应留意一定要在甲醛味充沛挥发前方能运用，否则易产生药害，影响出苗。
（2）福美双混合制剂消毒
每立方米基质中参加50%福美双20～25克，70%五氯硝基苯20～25克，充沛混拌平均后即可运用。该办法用药量不宜过多，否则易发作药害。
采用此种办法可避免茄果类和瓜类苗期的猝倒病和立枯病。
（3）代森锌混合制剂消毒
每立方米基质中参加65%代森锌20～25克、70%五氯硝基苯20～25克，充沛混拌平均后，即可运用。该办法用药量不宜过多，否则易发作药害。采用此种办法可避免茄果类和瓜类苗期的猝倒病和立枯病。
（4）百菌清药剂消毒
每立方米基质中参加50%百菌清100～200克，充沛混拌平均后即可运用。
（5）溴甲烷消毒
每立方米基质中参加溴甲烷100～150克，充沛混拌平均后，盖上塑料薄膜闷3～5天，然后揭去薄膜，晾晒2～3天，待药味分发后运用。
（6）蒸汽消毒
将基质放入蒸汽消毒器中，使温度到达100～120℃，维持1～2小时，可到达消毒目的。但是该办法需配置锅炉和蒸汽消毒器，价钱昂贵，不宜消费单位运用。
